第一商業銀行(以下簡稱本行)設置股東會、董事會及監察人會，並置董事長一人。本行自第二十七屆董事會起，設置審計委員會，協助董事會執行其監督職責及負責公司法、證券交易法及其他相關法令所賦予之任務。本行於董事會下置總稽核並設稽核處，另設風險管理委員會及問責委員會，並置公司治理主管一人。本行置總經理一人，下置副總經理及總機構法令遵循主管，另置資訊安全長一人，由副總經理兼任，並設總經理室、經營管理處。總經理轄下設經營決策委員會、授信審議委員會、資產負債管理委員會、人事評議委員會、勞資會議委員會、信託財產評審委員會、永續發展委員會、防制洗錢及打擊資恐委員會、資訊發展委員會、公平待客原則推動委員會。本行總行設24處、3室及6中心，以業務屬性歸納，並督導國內外分支機構：

• 總機構法令遵循主管掌理法令遵循事務，督導法令遵循處。
• 法金及營管業務下轄法人金融業務處、營運業務處。
• 國際業務下轄外匯營運處、海外業務處。
• 金融市場業務下轄財務處、金融市場業務處。
• 個人金融業務下轄消費金融業務處、信用卡處、信託處、保險代理人處、理財業務處。
• 風控管理業務下轄授信審核處、風險管理處、徵信處、債權管理處。
• 資訊管理業務下轄資訊處、數位安全處、數位銀行處。
• 行政管理事務下轄會計處、人力資源處、總務處、公關室、法務室。

本行另設有區域中心。